在使用真空干燥机干燥物料的过程中，如果能施加适当的压力，干燥过程和结果会更好，特别是在一些更复杂的过程中，如渗透，水分的转移与其耐压性密切相关。

真空干燥机既是干燥设备又是压力容器，在真空干燥过程中，筒体内的压力总是低于大气压力，气体分子数少，密度低，氧含量低，因此可干燥容易氧化的药品，减少材料染菌的机会。
由于水在蒸发过程中的温度与蒸汽压力成正比，在真空干燥过程中，物料中的水可以在低温下蒸发，实现低温干燥，这就是为什么双锥旋转真空干燥机特别适用于生产热敏性物料的药物。

而且真空干燥能消除常压热风干燥容易发生的表层硬化现象，与高效万能粉碎机相比，前者压力梯度使材料中的水分很快移动到表层，不会发生表层硬化。

真空干燥机干燥后，材料内与外部之间的温度梯度小，可施加反渗透作用，单独移动收集溶剂，有效克服热风干燥引起的溶剂流失现象，因此真空干燥机在真空干燥的作业过程中成为负压。